La denominación oficial del puesto ocupado por Ayala en Praga era la de Secretario de Primera Clase en la Embajada de España en Berlín, en comisión a la Legación de Praga, donde era embajador Luis Jiménez de Asúa. A comienzos de 1938 el puesto será adscrito a la embajada en la Santa Sede, con la misma categoría y funciones. En Praga, Ayala se dedicó a reforzar las relaciones internacionales de la República.